Pengadilan HAM menurut UU No. 26/2000 adalah pengadilan khusus yang berada dibawah peradilan umum. Dikatakan khusus karena dari segi penamaan bentuk pengadilannya sudah secara spesifik menggunakan istilah Pengadilan HAM yang kewenangannya mengadili kejahatan-kejahatan tertentu. Pengaturan yang sifatnya khusus ini didasarkan atas kerakteristik kejahatan yang sifatnya extraordinary yang memerlukan pengaturan dan mekanisme yang juga bersifat khusus. Penjelasan Umum UU No. 26/2000 menyatakan Pelanggaran hak asasi manusia yang berat merupakan “extra ordinary crimes” dan berdampak luas baik pada tingkat nasional maupun internasional dan bukan merupakan tindak pidana yang diatur di dalam KUHP serta menimbulkan kerugian baik materiil maupun immateriil yang mengakibatkan perasaan tidak aman baik terhadap perseorangan maupun masyarakat, sehingga perlu segera dipulihkan dalam mewujudkan supremasi hukum untuk mencapai kedamaian, ketertiban, ketenteraman, keadilan, dan kesejahteraan bagi seluruh masyarakat Indonesia.[1]

Pengaturan yang berbeda atau khusus ini mulai sejak tahap penyelidikan dimana yang berwenang adalah Komnas HAM sampai pengaturan tentang majelis hakim, yang komposisinya berbeda dengan pengadilan pidana biasa. Dalam pengadilan HAM ini komposisi hakim adalah lima orang: tiga orang diantaranya adalah hakim ad hoc. Namun, meskipun terdapat kekhususan dalam penangannya, hukum acara yang digunakan, masih menggunakan KUHAP terutama prosedur pembuktiannya. Dalam Penjelasan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 menyatakan bahwa kekhususan penanganan perkara pelanggaran HAM yang berat dalam pengadilan HAM ini terdiri atas:

1. Diperlukan penyelidik dengan membentuk tim ad hoc, penyidik ad hoc, penuntut umum ad hoc, dan hakim ad hoc;
2. Diperlukan penegasan bahwa penyelidikan hanya dilakukan oleh Komisi Nasional Hak Asasi Manusia sedangkan penyidik tidak berwenang menerima laporan atau pengaduan sebagaimana diatur dalam Kitab Undang- undang Hukum Acara Pidana;
3. Diperlukan ketentuan mengenai tenggang waktu tertentu untuk melakukan penyidikan, penuntutan, dan pemeriksaan di pengadilan;
4. Diperlukan ketentuan mengenai perlindungan korban dan saksi. dan;
5. Diperlukan ketentuan yang menegaskan tidak ada kadaluarsa bagi pelanggaran hak asasi manusia yang berat Pengadilan HAM ini juga mengatur tentang kekhususan penanganan terhadap kejahatan-kejahatan yang termasuk gross violatioan of human rights dengan menggunakan norma-norma yang ada dalam hukum internasional.

[1] Https://pusham.uii.ac.id/wp-content/uploads/2023/05/Pengadilan_Hak_Asasi_Manusia_.pdf